سپس به مشهد مراجعت کرد و چند سالی در مشهد، مدرسه حاج حسن به تدریس پرداخت. در این حوزه ایشان شاگردان چندی را آموزش داد که از میان آنها می توان به آخوند ملامحمدکاظم خراسانی، ملامحمدکاظم سبزواری، آیة الله حاج میرزا حسین مجتهد سبزواری، ملاعبدالکریم قوچانی، حاج میرزاحسن حکیم داماد، آقا میرزامحمد یزدی معروف به فاضل یزدی اشاره کرد. آنگاه عازم بیت الله شد در مراجعت اجبارا دو سه سالی در کرمان اقامت کرد. در مدت اقامت کرمان برای اینکه نفس خود را تربیت کند و ریاضت دهد سعی کرد ناشناخته بماند و در همه مدت به کمک خادم مدرسه، به خدمت طلاب قیام می کرد. بعد دختر همان خادم را به زنی گرفت و رهسپار سبزوار شد، قریب چهل سال بدون آنکه حتی یک نوبت از آن شهر خارج شود در آن شهر توقف کرد و به کار مطالعه و تحقیق و تدریس و تألیف و عبادت و ریاضت نفس و تربیت شاگردان پرداخت تا عمرش به پایان رسید. حاج ملاهادی غزل های حکمی و عرفانی نیز سروده است و در شعر "اسرار" تخلص می کرد. حاج ملاهادی سبزواری عصر روز بیست و پنجم ذی الحجه سال ۱۲۸۹ قمری درگذشت. آرامگاه او در درواز نیشابور سبزوار (اکنون معروف به فلکه زند) قرار دارد.

فهرست آثار ملاهادی سبزواری
جمیع آثار حکیم ملاهادی بن مهدی سبزواری در مباحث فلسفی تالیف شده است؛ فلسفه به سبک حکمت متعالیه (غیر از سه رساله در مباحث ادبی: صرف، نحو، معانی بیان) آنچه از آثار این حکیم محقق به طبع رسیده به قرار زیر است:
1- اسرار الحکم فی المفتتح و المختتم
2- دیوان اسرار
3- الراح و القراح
4- هادی المضلین فی اصول الدین
5- شرح مثنوی مولانا جلال الدین محمدبن بلخی
6-معاد در فلسفه و کلام اسلامی
7- رسائل حکیم سبزواری (مشتمل بر مباحث مهم عرفانی و فلسفی و مسائل اعتقادی) (19 رساله)
8- شرح دعاء الصباح
9- شرح الاسماء (شرح دعای جوشن کبیر)
10- شرح علی ارجوزه یا لئلالی المنتظمه (ارجوزه حکمت- ارجوزه منطق)
11- شرح نبراس الهدی فی احکام الفقه و اسرارها
12- حواشی به اسفار اربعه آخوند ملاصدرا: این حواشی به طور مرتب و یکنواخت از اول تا آخر چهار سفر اسفار غیر از مباحث جواهر و اعراض تحریر شده است و در زمان مولف در سال 1282 هـ.ق در طهران به طبع سنگی رسید. محقق سبزواری به این کتاب در ضمن تدریس، تعلیقه نوشت و بعد از آنکه به قسمت زیادی از آن حاشیه نوشته بود آن را به اتمام رسانید و برای انتشار به طهران فرستاد.
13- حواشی حکیم به کتاب شواهد الربوبیه: از آثار علمی و تحقیقی و نفیس او می باشد. حکیم سبزواری کتاب شواهد را مکرر تدریس نمودند و این حواشی را در ضمن تدریس و بحث به کتاب مرقوم داشته است، تعلیقات حکیم به شواهد تحقیقی تر و محکم تر از حواشی اسفار است.
14- حواشی سبزواری بر مبدأ و معاد ملاصدرا: کتاب مختصر و موجزی است. شاید علت این امر آن است که مطالب مبدأ و معاد همان تکرار مباحث اسفار بلکه در مواردی تلخیص اسفار است و حکیم می بایست همان حواشی اسفار و شواهد را به این کتاب بنویسد لذا از نوشتن تعلیقه بر این کتاب خودداری نموده است.
15- حواشی حکیم بر مفاتیح الغیب ملاصدرا: که از کتب نفیس و عالی آخوند می باشد و از جهاتی نظیر ندارد. محشی این کتاب را هم تدریس نموده و به طور متفرق به آن تعلیقه دارد. در زمان حیات او اصل کتاب به طبع سنگی رسیده است. این تعلیقات عین مطالب فیلسوف در حواشی اسفار و سایر آثار اوست.
16- المقیاس فی الفقه: به نظر می رسد که این کتاب شرح نبراس الهدی و کتاب اسرار العباده یکی باشند اما بعید است که حکیم سبزواری سه کتاب در فقه منظوم و مشروح، یکی به نام نبراس و دیگری مقیاس و سومی اسرارالعباده نوشته باشد و در حقیقت این سه همان منظومه نبراس است که در اسرار و رموز عبادات می باشد.
17- شرح الابحاث المفیده: مرحوم علامه حلی کتابی در کلام شیعی تالیف نموده به نام الابحاث المفیده فی تحصیل العقیده که حکیم سبزواری شرحی بر آن نوشته است.
18- حواشی بر شوارق لاهیجی
19- حواشی بهجة المرضیه: این کتاب تالیف جلال الدین سیوطی و شرحی به الفیه ابن مالک در عالم نحو و برخی از فضلا به آن حواشی مفیدی مرقوم داشته اند و حکیم سبزواری در جوانی و ریعان شباب حواشی لطیفی بر این کتاب نوشته است.
20- زنگینامه حکیم: این کتاب زندگینامه حکیم به نگارش خود ایشان است که در 36 سطر نوشته شده و به درخواست یکی از دوستان خود نوشته اند.
21- رحیق در علم بدیع
22- دیوان شعر
23- منظومه و شرح منظومه سبزواری
24- شرح فارسی بر برخی از ابیات مشکل مثنوی مولانا
25- مفتاح الفلاح و مصباح النجاح
26- النبراس فی اسرار الاساس
جمیع آثار و تالیفات حکیم سبزواری اعم از کتب، رسائل و حواشی و تعلیقات به بیش از 30 می رسد.

شاگردان:
شاگردان حاجی تا آنجا که ما فعلا اطلاع داریم عبارتند از:
- ملاعبدالکریم خبوشانی (قوچانی) که بر منظومه منطق حاشیه دارد.
- حاج میرزا حسین سبزواری مقیم تهران استاد ملامحمد هیدجی و میرزا علی اکبر یزدی مقیم قم (ریحانةالادب ج 6 صفحه 381 و نقباءالبشر ص 502)
- حاج میرزا حسین سبزواری سبزواری مقیم سبزوار که در جامعیت و تحقیق در عصر خود بی نظیر شناخته می شد (نقباء البشر صفحه 569)
- حکیم عباس دارابی استاد معروف فلسفه در استان فارس (نقباءالبشر صفحه 983)
- شیخ ابراهیم سبزواری استاد شیخ الرئیس قاجار (نقباءالبشر صفحه 3)
- شیخ محمد ابراهیم تهرانی که با حکیم سبزواری مراسلات داشته و علامه تهرانی آنها را نزد شیخ محمدجواد جزائری دیده است (الکرام البرره ص 6)
- سید ابوالقاسم موسوی زنجانی
- سید عبدالرحیم سبزواری
- ملا محمد صباغ (نقباءالبشر صفحه 51 - 727 - 854)
- شیخ محمد رضا بروغنی استاد آقا شیخ هادی بیرجندی (نقباءالبشر صفحه 727)
- میرزا عبدالغفور دارابی
- ملاغلامحسین شیخ الاسلام مشهدی استاد حاج فاضل خراسانی و آقا بزرگ شهیدی مشهدی
- میرزا محمد سروقدی استاد حاج فاضل خراسانی و آقا بزرگ شهیدی مشهدی
- شیخ علی فاضل تبتی
- میرزا آقا حکیم دارابی
- میرزا محمد یزدی
- حاج میرزا ابوطالب زنجانی
- حاج ملا اسماعیل عارف بجنوردی
- شیخ عبدالحسین شیخ العراقین
- میرزا محمد حکیم الهی
(مقدمه آقای سیدجلال الدین آشتیانی بر مجموعه رسائل حکیم سبزواری صفحات 67 - 82).